A rede dos Clubes Europeus está entregue ao Ministério da Educação português. A partir do mês de Abril de 2010, o organismo responsável pelos assuntos relativos à dimensão europeia na educação, incluindo a coordenação da Rede Nacional dos Clubes Europeus, é a Direção de Serviços de Inovação Educativa (DSIE) integrada na Direção Geral de Inovação e Desenvolvimento Curricular (DGIDC).
